Высшим руководящим органом Центра является Общее собрание учредителей, основной функцией которого является определение приоритетных направлений деятельности Центра, принципов формирования и использования его имущества.
Наблюдательный совет — контрольно-ревизионный орган Центра.
Генеральный директор — единоличный исполнительный орган, осуществляющий текущее руководство Центром, подотчетный Общему собранию учредителей Центра и Наблюдательному совету.